Con una superficie de 2.617 hectáreas certificadas y 5.440 colmenas, la agricultura orgánica en la Región de Los Lagos es un rubro incipiente, pero con gran potencialidad de desarrollo en el territorio, destacando la producción de productos pecuarios, lácteos, de recolección silvestre y praderas. Y, en el caso de Chiloé, una serie de productos procesados donde resaltan las mermeladas, la quinoa, el ajo negro y la pimienta  chilota, a lo que se suman productos lácteos como  el queso de oveja maduro,  la ricota y el yogurt.

Para dar un impulso a este sector y demostrar el compromiso con el desarrollo de economías sostenibles, el Ministro de Agricultura, Antonio Walker, y el Ministro de Agricultura, Ganadería y Abastecimiento de Brasil, Blairo Borges, firmaron un memorándum de entendimiento para la apertura del mercado de alimentos y productos orgánicos entre ambos países.

Para el caso de la Región de Los Lagos beneficiará principalmente a los pequeños productores y asociaciones de este rubro, ya que se reconoce la Certificación de Primera Parte (o autocertificación) que aplican las organizaciones de menor tamaño en el territorio, lo que permitirá estimular la inclusión de pequeños y medianos productores en el mercado de exportación.